Оркестр создан в 1951 году Бернхардом Паумгартнером, который собрал 36 музыкантов Моцартовского университета Зальцбурга. Первоначально оркестр назывался Camerata Academica des Mozarteums Salzburgs. Первый концерт коллектива состоялся 9 апреля 1952 года в Большом зале Моzarteum’а. В 50-е годы с оркестром выступали известные пианисты Клара Хаскил и Геза Анда. В 1956 году оркестр осуществил тур по странам Европы.

В 1971 году, после смерти Бернхарда Паумгартнера, коллектив возглавил швейцарский дирижер Урс Шнайдер, который руководил им лишь в течение двух лет. В эти годы с коллективом дебютировал всемирно известный дирижер Дитрих Фишер-Дискау, с оркестром он гастролировал в Инсбруке, Зальбурге и Линце.

В 1974 году художественным руководителем «Камерата-Зальцбург» стал виолончелист Антонио Янигро. Этот музыкант открыл новую страницу в истории коллектива. Под его руководством оркестр объездил весь мир, получив восторженные отклики влиятельных критиков. С оркестром выступали гобоист Хайнц Холлигер, флейтистка Орель Николе, скрипач Вольфганг Шнайдерхан, и музыкант, который затем возглавил оркестр «Камерата-Зальцбург» — венгерский скрипач и дирижер, профессор Шандор Вег. Он руководил коллективом с 1978 по 1997 гг. С 1997 года главным дирижером оркестра стал сэр Роджер Норрингтон.

Ежегодно оркестр «Камерата-Зальцбург» дает более 80 концертов. Среди дирижеров, сотрудничавших с оркестром, — Ф.Вельсер-Мёст, Т.Пинок, сэр Н.Марринер, солисты Р.Штрайх, А.Брендель, К.Эшенбах, М.Ушида, Дж.Белл, А.-С.Муттер. Постоянным приглашенным солистом и дирижером «Камерата-Зальцбург» в последние годы является скрипач Леонидас Кавакос.

Оркестр гастролировал в Европе, Северной и Южной Америке, Японии и Южной Африке. Коллектив постоянно принимает участие в Зальцбургских фестивалях, посвященных Вольфгангу Амадею Моцарту, исполняя симфонии и оперы композитора.

«Камерата-Зальцбург» имеет записи на фирмах Capriccio, Decca, EMI, Deutsche Grammophon и Philips.