Владимир Александрович Понькин родился в 22 сентября 1951 году в городе Иркутске. Окончил Горьковскую консерваторию, а затем Московскую консерваторию и ассистентуру-стажировку по классу оперно-симфонического дирижирования у Геннадия Рождественского. В 1980 году он первым из российских дирижеров стал победителем V Всемирного конкурса дирижеров Фонда Руперта в Лондоне.

В 80-е годы Владимир Понькин проходил стажировку в Большом театре (как ассистент Г.Н.Рождественского), одновременно работал в Московском Камерном музыкальном театре.

С 1982 по 1985 годы В. Понькин был дирижером Государственного симфонического оркестра Министерства культуры СССР. С 1985 по 1987 гг. был главным дирижером Ярославского симфонического оркестра. В течение 4-х лет (1987-1991 гг.) маэстро  дирижировал Государственным симфоническим оркестром кинематографии.

С 1995 по 1998 гг. он был главным дирижером Краковского филармонического оркестра.

В сезоне 1996-1997 гг. маэстро был также главным дирижером Музыкального театра им. К.С.Станиславского и В.И.Немировича-Данченко.

С 1999 года Владимир Понькин активно сотрудничает с театром «Геликон-опера». Под его руководством в театре были осуществлены  ряд оперных постановок, в том числе «Леди Макбет Мценского уезда» Шостаковича, «Лулу» Берга, «Кащей бессмертный» Римского-Корсакова и многие другие.

С 1990 по 2004 гг. маэстро Владимир Понькин исполнял обязанности. художественного руководителя и главного дирижера Государственного симфонического оркестра Московской филармонии.

Гастроли Владимира Понькина с большим успехом проходили в Германии, Великобритании, Франции, Италии, Испании, Швеции, Греции, Чехии, Словакии, Болгарии, США, Аргентине, Чили, Австралии, Японии с такими оркестрами как: оркестры: Би-Би-Си, Ленинградский филармонический, Оркестр Стокгольмского радио, оркестры Италии: Миланский симфонический Guido Cantelli и Оркестр г. Бергамо, Йенский симфонический (Германия), ведущие коллективы Австралии — Мельбурнский симфонический и Западноавстралийский оркестр, Бинхэмптонский симфонический оркестр (США) и многими другими. Дирижер выступал как в России так и за рубежом с известными музыкантами-солистами: Г.Соколовым, Н.Гутман, Э.Вирсаладзе, Н.Петровым, В.Крайневым И.Погореличем и  другими.

Владимир Понькин имеет свою дискографию, которая включает в себя как произведения мировой классики, так и современную музыку. Дирижер осуществил первое исполнение в России произведения К.Пендеровского «Заутреня» (с ГСО), принимал участие в международных фестивалях музыки В.Лютославского в Москве (с ГСО) и музыки А.Пярта в Стокгольме (со Стокгольмским симфоническим оркестром).

С 1 января 2005 года Владимир Понькин назначен Федеральным агентством по культуре и кинематографии на должность художественного руководителя — главного дирижёра федерального государственного учреждения культуры Национальный академический оркестр народных инструментов России им.Н.П.Осипова.

Народный артист России Владимир Понькин награждён крестом «Защитник отечества I степени» за заслуги перед Отечеством в области развития искусства России (2004), медалью II степени — «За заслуги в развитии Кубани» (2001) и медалью «За заслуги перед культурой» Министерства культуры и искусств Польши (1996). Дважды — в 2000 и 2003 годах — он стал Лауреатом национальной театральной премии «Золотая маска».